开启荒岛水下遗迹需要完成一系列解谜步骤。首先需要传送到荒海区域的锚点，利用滑翔功能前往地面的一口枯井处。跳入井底后会出现一只仙灵，跟随仙灵移动并利用出现的藤蔓攀爬至上方平台。在平台上可以发现一扇铁门，铁门前方就是荒海海底的传送锚点，直接启动即可解锁该传送点。这个步骤是探索水下遗迹的前提条件，必须优先完成。
遗迹内部的核心解谜机制涉及石板机关和元素方碑。进入遗迹后，需要按照特定顺序踩踏地面石板，成功触发后会解锁中央的菱形机关。激活菱形机关将引发剧情动画，随后遗迹上方的岩石会碎裂，整个建筑将从地下升起。该过程需要仔细观察地面石板的光效变化，错误的踩踏顺序会导致机关重置。某些情况下需要借助元素视野辅助判断正确的解谜路径。
水下遗迹包含多层结构，其中存在水位控制机关。部分区域需要先击败守护的遗迹机兵才能开启水位控制装置。解封所有元素方碑后，中间平台的主机关会被激活，水位会显著下降。水位变化会暴露出新的探索区域，包括被水淹没的通道和隐藏宝箱。在最终层可以找到被水草缠绕的宝箱，使用火元素攻击即可清除障碍。
遗迹最深处的秘境入口需要特殊方式解锁。沿着水位下降后出现的通道前进，会到达一个深坑区域，跳落后可见草种子装置。取得草种子后需要返回七天神像处切换元素共鸣，再回到水下传送点完成最终激活。整个探索过程涉及战斗、解谜和机关操作等多重要素，建议携带具有破盾能力的角色应对遗迹守卫，同时准备至少一名火属性角色处理环境障碍。
